我校于1978年开始独立的研究生教育，1981年成为国务院批准的首批硕士学位授予单位，2013年获批为博士学位授予单位，目前我校有林学、林业工程、农林经济管理3个博士后科研流动站，有一级学科博士点4个、博士专业学位点1个，一级学科硕士点17个、硕士专业学位点17个。截至2025年9月，全校在读研究生5120人，其中博士研究生342人，硕士研究生4778人。学校有国家林业和草原局重点学科6个、培育学科1个，省级重点学科5个、省级优势特色重点建设学科2个，省院省校合作咨询共建学科2个，A类高峰学科1个、B类高峰学科2个、B类高峰学科优势特色研究方向1个，A类高原学科2个。获批云南省重点支持建设一流学科2个、特色学科建设计划4个、新学科培育计划1个。学校植物与动物科学、环境与生态学、农业科学、化学4个学科进入ESI全球排名前1%。

学校拥有一支高水平的师资队伍，现有博士生导师190余人，硕士生导师1000余人。国家、省部级以上人才共313人次。有中国工程院院士1名，相关国家级人才5人次，全国优秀教师2人，国家有突出贡献中青年专家1人，享受国务院政府特殊津贴专家4人，中国科学院百人计划2人，教育部原新世纪优秀人才2人。云南省“兴滇英才支持计划”201人，云南省有突出贡献优秀专业技术人才6人，享受云南省政府特殊津贴专家12人，省委联系专家12人，全国林业和草原教学名师2人，林业和草原科技创新领军人才2人，林业和草原科技青年拔尖人才2人，云南省中青年学术和技术带头人32人，云南省技术创新人才7人。

学校获批成立林业生物质资源高效利用技术国家地方联合工程研究中心、生物质材料国际联合研究中心、木材科学与技术学科创新引智基地（111引智计划），“西南山地森林资源保育与利用”教育部重点实验室1个。现有省部级科研平台60个、省部级创新平台13个。设有中国林学会国家公园分会、中国林学会古树名木分会、云南省生态文明建设研究与发展促进会。有各级各类自然科学类创新团队27个。省级哲学社会科学创新团队7个、研究基地1个、智库2个，社科普及基地2个。先后获国家科学技术进步奖二等奖2项、全国创新争先奖1项、教育部高等学校科学研究科技进步奖一等奖1项。学校充分发挥区域、行业和学科优势，主动服务经济社会发展，在生物多样性与自然保护地管理、森林培育、森林保护、竹藤研究、木质科学与技术、高原湿地等方面相关领域居于国内同类研究前沿；在园林规划设计、生态旅游等领域具有明显的区域特色；在蚁类、鸟类、鱼类等方面研究取得突出成绩，社会影响日益扩大，受到国家林业和草原局及云南省委、省政府多次表彰和奖励。

学校始终把研究生培养质量放在首位，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，规范课程教学、学位论文开题、中期考核、论文答辩等一系列工作，注重提高研究生业务水平和综合素质。学校坚持“立德树人、服务需求、提高质量、追求卓越”工作主线，持续推进研究生教育质量稳步提升，研究生在读期间曾多人次获“中国研究生创新实践系列大赛”“全国大学生课外学术科技作品竞赛”“IFLA国际学生风景园林设计大赛”“梁希优秀学子奖”“全国林科十佳毕业生”等表彰和奖励。截至2025年9月，我校累计授予博士学位151人，硕士学位12509人，为国家特别是西南地区培养了大批高素质林业科技人才，为学校高质量发展和高水平人才培养提供了重要支撑。

研究生院是我校学位与研究生教育的管理部门，主要从事研究生招生、培养、学位授予、导师遴选等日常管理服务工作。